超凈工作臺在管理上應制定相應的監控規程，其主要內容如下：
1、定期監測凈工作臺、無菌隔離系統的內表面的微生物學質量及其內部的空氣質量（粒子和微生物）要求所用的過濾器應能確保使大于等于0.3um的粒子的截留率達到99.97%以上。層流空氣的流速應足以將工作區的粒子帶出去。*般說來，在距離過濾器下游15—30cm處的平面上（工作區），理想的層流速度應控制在0.36—0.54m/s之間；
2、過濾器的完好性和層流速率應經過確認，在安裝完備后須在使用現場進行完好性（泄漏）檢查和過濾效率（性能）測試。以后還須定期進行此類測試（通常每半年至少檢查1次）；
3、日常管理*旦發現設備運行不穩，或環境監控結果異常，或微生物檢驗結果偏差呈上升趨勢，均須立即進行完好性檢查和性能測試。此類檢查非常重要，這樣可以有效避免給無菌操作帶來的潛在污染風險。無菌作業時，應同時監控操作區空氣以及操作臺表面的微生物學質量，在實驗時，應同時做陰陽性對照試驗。
